대법원은 8월30일 오후 2시 대법정에서 대법원장과 대법관 전원이 참석하는 전원합의체 공개변론을 진행한다고 18일 밝혔다. 

대법원은 "병역거부자의 양심실현의 자유가 국방의 의무보다 우월하지 않으므로 정당한 사유를 인정하기 어렵다"고 판단한 2004년 전합 판결 이후 양심적 병역거부를 병역법 위반으로 처벌했다. 또 "시민적 및 정치적 권리에 관한 국제규약 제18조에서 양심적 병역거부권이 도출되지 않는다"는 입장을 고수했다.

하지만 국제연합 자유권규약위원회가 2006년 이후 수차례에 걸쳐 병역법 위반으로 처벌받은 우리 국민의 통보 사안을 심사해 우리나라가 자유권규약 제18조를 위반했다는 견해를 공표했다. 유럽인권재판소도 2011년 기존 선례를 변경해 양심적 병역거부자를 처벌하는 아르메니아 정부가 인권규약을 위반했다고 판결했다.

시민사회에서는 국내외 환경과 논의 변화를 반영해 정당한 사유의 해석을 넓히는 판례변경을 고려해야 한다는 지적이 제기됐다. 징병제 국가에서 양심적 병역거부권의 인정 여부는 입법자의 재량에 속하고 대체복무제가 도입되지 않은 상태에서 병역거부자를 처벌하지 않을 경우 혼란이 초래한다는 반론도 나왔다.

현재 양심적 병역거부와 관련해 대법원에 계류 중인 상고심 사건은 100건이 넘는다. 하급심에도 재판부별로 판결의 유·무죄 결론이 갈리고 있는 상황이다. 항소심에서 무죄로 판단해 상고한 사건도 3건 있다. 대법원은 이번 전원합의체를 통해 종전 판결의 변경 여부를 최종 판단할 예정이다.