2019년 대검찰청 반부패강력부가 김학의 전 법무부차관 불법 출국금지 수사를 무마하는 과정에 이성윤 서울중앙지검장은 물론 청와대 민정수석실과 법무부가 관여한 정황이 이성윤 서울중앙지검장 공소장을 통해 드러났다. 이규원 검사가 이 사건으로 수사를 받는다는 사실을 알게 되자 이광철 청와대 민정비서관에게 이 사실을 알렸고, 이 내용이 조 전 수석에게 전달돼 수사 무마까지 이어졌다는 것이 골자다.

수원지검 수사팀은 지난 12일 이 지검장을 직권남용권리행사방해 혐의로 기소하면서 공소장에 이같은 내용을 담은 것으로 전해졌다.
조국, "이규원 수사 받지 않게 해달라" 윤대진에 전달알려진 내용에 따르면 2019년 3월 당시 대검 과거사진상조사단 소속이던 이규원 검사는 김 전 차관 출국을 막는 과정에서 가짜 내사번호 등을 이용해 허위 출국금지 요청서를 작성했다.

이 지검장은 우선 이 사실을 알고 당시 한찬식 서울동부지검장에게 사건번호를 추인해달라고 요구하며 불법 출금에 관여한 혐의를 받는다. 이후 이 검사의 위법 정황을 파악한 안양지청이 수사에 나서자, 자신의 개입 혐의가 드러날 것을 우려해 문무일 당시 검찰총장에게 안양지청의 수사 계획 보고를 고의로 누락한 혐의도 있다. 검찰은 또 이 지검장이 당시 안양지청 수사팀에게 "김학의 출금 조치는 법무부와 대검이 혐의 된 사안으로, 서울동부지방검찰청 검사장도 다 알고 있는 내용"이라고 말해 수사팀이 이 검사의 혐의 발견 사실을 검찰총장과 수원고검장에게 보고하지 못하게 했다고 보고 있다.

한편 이 검사는 자신이 수사를 받게 되자 사법연수원 동기(36기)로 평소 친하게 지내던 이광철 민정비서관(당시 선임행정관)에게 이 사실을 알렸다. 그러자 이 비서관은 조국 당시 민정수석에게 "이규원 검사가 곧 유학 갈 예정인데 검찰에서 이규원 검사를 미워하는 것 같다"며 "이 검사가 수사를 받지 않고 출국할 수 있도록 검찰에 얘기해 달라"는 취지로 말했고, 조 전 수석은 이 내용을 윤대진 당시 법무부 검찰국장에게 전달했다고 한다.

이에 윤 전 국장도 사법연수원 동기(25기)로 개인적인 친분이 있던 이현철 전 안양지청장에게 전화해 "김학의에 대한 긴급출국금지 조치는 법무부와 대검찰청의 수뇌부 및 서울동부지방검찰청 검사장의 승인 아래 이루어진 일인데 왜 이규원 검사를 문제 삼아 수사하느냐, 이 검사가 곧 유학을 가는데 출국에 문제가 없도록 해 달라"고 요구했다.

이 전 지청장은 이후 수사팀에게 "대검과 법무부에서 이렇게까지 하는데 어떻게 하느냐"며 이 검사 수사는 중단하고 법무부가 수사의뢰한 부분에 대해서만 우선 조사를 지시했다고 한다. 법무부 출입국본부 소속 직원들이 김 전 차관 출입국 정보를 조회한 것이 개인정보보호법 위반인지만 들여다보라는 것이다.
검찰, '중간 다리' 윤대진 공수처 이첩결국 안양지청은 이규원 검사에 대한 추가 수사를 진행하지 못하고 법무부 직원들에 대해서만 조사를 이어갔다. 이 과정에서 김 전 차관의 출입국 정보를 조회한 이유가 무엇인지, 누가 지시했는지, 조회 사실이 위법인지에 대한 문답이 오갔다.

조사 상황을 전달받은 차규근 법무부 출입국·외국인 정책본부장은 박상기 당시 법무부장관에게 이를 전달하며 "안양지청이 출입국본부 직원들의 휴대전화를 빼앗으려 하고 귀가를 못하게 한다"고 보고했는데, 검찰은 이 보고가 허위라고 보고 있다.

보고를 받은 박 전 장관은 곧바로 윤 전 국장을 불러 "내가 시켜서 직원들이 한 일을 조사하면 나까지 조사하겠다는 것이냐. 그리고 검찰이 아직도 그런 방식으로 수사를 하느냐"며 강한 질책과 함께 경위 파악을 지시했다고 한다.

이후 윤 전 국장은 이 전 지청장에게 전화를 걸어 "법무부와 대검이 협의해 출국금지하도록 한 것인데 왜 출입국본부 직원들을 계속 수사하느냐, 장관이 엄청 화를 내서 겨우 막았다"고 질책한 것으로 전해졌다. 이 지검장도 안양지청에 법무부 직원에 대한 조사 경위서 제출을 지시하는 등 '안양지청의 출입국본부 직원들에 대한 수사는 문제가 많으니 그만하라'는 취지로 안양지청 지휘부를 압박한 것으로 알려졌다. 결국 안양지청 수사팀은 2019년 7월 4일 '더 이상 수사할 계획이 없다'는 보고서를 대검에 보내면서 수사를 종결했다.

한편 수원지검은 이 지검장 기소 이튿날인 지난 13일 윤 전 국장과 이 전 지청장, 배용원 당시 안양지청 차장검사 등에 대한 혐의를 발견했다고 판단하고 이들 사건을 공수처에 이첩했다.