법인세액을 정확하게 산정하려면 조세특례제한법의 세액공제·감면 규정도 꼼꼼히 살펴야 한다. 법인의 세무 담당자 입장에선 이런 규정이 다양하고 복잡해 이해하기 어려울 뿐 아니라 적용 요건에 대한 판단 역시 까다로운 게 현실이다.

법인이 세무조사를 받으면 과거 적용받은 세액공제나 감면이 적정했는지에 대한 다툼이 종종 발생한다. 만일 관련 규정을 잘못 적용해 세액공제나 감면을 받은 경우 단순히 납부지연 가산세뿐 아니라 과소신고 가산세를 부담하는 위험까지 떠안아야 한다.

세무 담당자 입장에서는 이런 우려 때문에 법인세를 신고할 때 적극적으로 세액공제·감면을 검토해 신청하기가 꺼려지기 쉽다. 납세자를 대리하는 세무 전문가도 세무조사에서 다툴 소지를 조금이라도 줄이자는 세무 담당자의 의견을 반영해 세액공제·감면을 보수적으로 적용하는 경우가 종종 있다.

국세청이 최근 신설한 '연구 및 인력개발비 세액공제 사전심사 제도'와 '중소기업 법인세 공제·감면 컨설팅 제도'는 이런 우려를 어느 정도 덜어내는 데 활용할 만한 제도다. 내용을 간략히 소개한다.

먼저 연구 및 인력개발비 세액공제 사전심사 제도는 2020년 1월1일부터 국세청이 연구·인력개발비 세액공제의 적정 여부를 미리 확인해줘 기업이 세무상 불확실성을 해소하고 연구 및 인력개발 활동에만 전념할 수 있도록 지원하기 위한 제도다(조세특례제한법 시행령 9조·17조). 국내법인은 법인세 과세표준 신고 전까지 홈택스·우편·방문 접수를 통해 이 심사를 신청할 수 있다. 이미 지출한 비용뿐 아니라 지출 예정 비용과 전체 비용 중 일부 항목에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다.

사전심사를 신청한 국내법인이 심사 결과에 따른 세액공제 금액을 반영해 법인세를 신고한 경우 심사받은 내용에 관해선 신고내용 확인(납세자가 신고한 사항을 검토해 오류·누락 혐의에 대해 수정신고를 안내하는 제도) 및 감면사후관리(조세특례제한법상 △감면요건의 일치 △중복 공제·감면 여부 △사후 법정의무 이행 여부를 확인하는 제도) 대상에서 제외된다. 심사 이후 세무조사 등으로 심사 결과와 다르게 과세 처분이 나오더라도 심사 대상 연도에 대한 과소신고 가산세는 면제된다.

다음으로 '중소기업 법인세 공제·감면 컨설팅 제도'는 2022년 8월부터 중소기업에 세액공제·감면 여부와 금액을 사전에 확인해주는 제도다. 세무상 불확실성을 해소하고 고용·투자 등을 유인해 중소기업을 지원하는 것이 목표다.

중소기업 법인세 공제·감면 컨설팅은 직전 사업연도의 수입금액이 100억원 이상 1000억원 미만인 중소기업이 신청할 수 있다. 고용·설비투자 등 세액공제·감면을 적용할 수 있는 특정한 사안이 발생한 때 국세청에 해당 세액공제·감면 여부와 세액공제·감면 금액 등을 문의할 경우 신청한 날의 다음 달 말일까지 서면으로 답변을 받을 수 있다. 또 과거 사업연도에 적용받지 못한 세액공제·감면에 대해 경정청구를 하는 경우 경정청구 전에 컨설팅을 신청할 수 있다.

중소기업이 컨설팅 내용에 따라 법인세를 신고한 경우 연구 및 인력개발비 세액공제 사전심사 제도와 마찬가지로 신고내용 확인과 감면사후관리 대상에서 제외된다. 추후 세무조사 등으로 컨설팅 내용과 다르게 과세되더라도 과소신고 가산세를 면제받게 된다.

국세청이 이런 사전심사·컨설팅을 운용하는 것은 납세자의 납세협력비용을 줄이기 위한 목적도 크다. 납세자는 과세 위험을 줄이는 차원에서 이런 제도를 적극적으로 활용할 필요가 있다.

다만 한 가지 아쉬운 점은 이런 사전심사·컨설팅 결과와 세무조사 등에 따른 과세처분이 엇갈릴 경우 과소신고 가산세만 면제되고 납부지연 가산세는 면제되지 않는다는 점이다.

납부지연 가산세는 납세의무자가 세법상 의무를 성실히 이행하도록 하는 취지 외에 법정납부기한과 납부일 사이 기간에 대한 이자의 성격이 있다. 그러나 국세기본법은 △납세자가 의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있는 경우(국세기본법 48조 1항 2호) △국세기본법 10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부했지만 이후 다른 과세처분을 하는 경우(국세기본법 48조 1항 3호와 같은 법 시행령 28조 1항 1호) 가산세를 부과하지 않도록 규정한다.

국세청으로부터 사전심사·컨설팅을 받은 내용과 동일하게 법인세를 신고했는데도 불구하고 세무조사 등을 통해 이와 다르게 과세처분이 될 경우 고율의 납부지연가산세를 납세자가 부담하도록 하는 게 타당한지에 대해서는 추가적인 논의가 필요하다.


[김성언 회계사는 2009년 공인회계사 자격을 취득해 2010년 삼일회계법인에 입사한 후 2017년 화우에 합류했다. 현재까지 화우 조세그룹에서 세무조사대응·세무진단·조세불복·경정청구·유권해석질의·국제조세 등 조세 전반에 대한 세무자문 업무를 수행하고 있다.]