60대 박모씨는 평생을 바쳐 키워온 법인 사업체를 최근 매각했다. 자녀들이 사업을 물려받을 생각을 하지 않아 어떻게 할지 오랫동안 고민이 많았는데 최근 사업체를 매수하고 싶다는 사람을 만나게 됐다. 박씨는 매수인이 제안한 가격으로 법인 주식을 전부 양도했다. 양도차익에 대한 세금을 납부하고도 큰 수익을 얻을 수 있었다.

은퇴 이후 여유로운 삶을 꿈꾸던 박씨에게 갑자기 세금고지서가 날아왔다. 양도소득세 신고 납부가 잘못됐으니 추가로 세금을 내라는 것이었다.

박씨는 앞서 주식의 양도차익에 대해 25% 세율을 적용해 양도소득세를 신고 납부했다. 그런데 과세관청은 45% 상당의 누진세율을 적용해 양도소득세를 부과했다. 여기에 더해 무신고가산세와 이자 성격의 납부지연가산세까지 부과했다.

박씨는 당황스러웠다. "주식의 양도소득세율은 분명 25%로 들었는데 왜 45%를 적용했지? 양도소득세를 신고했는데 무신고가산세는 왜 부과했지?" 이런 의문이 들었다. 어떻게 된 일일까?

우리나라 세법상 대주주가 비상장법인 주식을 양도하면 원칙적으로 25%(과세표준 3억원 이하 구간은 20%)의 세율이 적용된다. 그러나 법인의 자산총액 중 부동산이 차지하는 비율이 50% 이상인 법인의 과점주주(주주 1인이 특수관계인과 함께 지분율 50%를 초과하여 보유한 경우 그 주주 1인과 특수관계인)가 그 법인 주식의 50% 이상을 과점주주 이외의 자에게 양도하는 경우에는 부동산 양도 시 적용하는 누진세율(6%~45%)을 적용한다. 사실상 부동산의 양도로 보는 셈이다.

이같은 주식을 전문용어로 '특정주식'이라 한다. 특정주식의 양도는 세율 이외에 양도소득세 예정신고기한도 다르다. 일반 주식은 '양도일이 속하는 반기의 말일로부터 2개월 이내'지만, 특정주식의 경우 '양도일이 속하는 달의 말일로부터 2개월 이내'다. 특정주식의 신고기한이 좀더 이른 것이다. 따라서 특정주식의 양도를 일반 주식의 양도로 오인하면 법정신고기한을 놓칠 수 있다.

즉 박씨가 양도한 주식은 일반 주식이 아닌 특정주식에 해당했다. 이 때문에 과세관청은 부동산 양도 시 적용하는 누진세율로 세금을 부과하는 동시에 법정신고기한 이내에 양도소득세를 신고하지 않았다고 보고 무신고가산세를 부과했다. 양도소득세의 10% 상당액이 지방소득세로 추가 과세된다는 점을 고려하면 실질적인 양도소득세율은 최고 49.5%에 달한다.

박씨의 입장에서는 평생 일군 사업체를 팔면서 양도차익의 절반 가까운 금액을 세금으로 내고 가산세까지 부담해야 한다는 사실이 억울할 수 있겠다. 그러나 이러한 과세는 세법에 따른 것이므로 위법하다고 보기 어렵다.

박씨가 이러한 내용을 미리 알았다면 어땠을까? 전문가를 통해 절세 방안을 찾거나 세부담을 고려하여 매수인과 거래가격을 협상했을 것이다. 적어도 제때 양도소득세를 신고 납부하여 가산세는 피할 수 있었을 것이다. 이처럼 큰 금액이 오가는 거래에서는 미처 생각하지 못한 문제가 발생할 수 있으므로 의사결정에 앞서 전문가의 의견을 들어보는 것이 바람직할 것이다.

*김진우 회계사는 법무법인(유) 화우의 조세전문그룹 및 자산관리센터 소속 공인회계사로서 주요업무분야는 조세자문과 불복이다. 국내외 기업의 법인세, 부가가치세 등 각종 조세 사건 이외에도 지주회사 전환, 분할, 사업양도 등 지배구조개편, 가업승계, 자산유동화, 해외투자 등과 관련한 프로젝트를 수행했다.